La zone géographique de production de la Cancoillotte est constituée de l’ancienne région administrative de Franche-Comté (Haute-Saône, Doubs, Jura et Territoire de Belfort) à laquelle s’ajoutent des communes limitrophes de l’Ain, de la Côte d’Or, de la Haute-Marne, de la Saône-et-Loire et des Vosges. Toutes sont liées historiquement à la fabrication de la Cancoillotte.
Le croissant s’étendant autour de la rivière la Saône, des Vosges jusqu’au département de l’Ain est constitué d’une zone très herbagère ayant toujours offert un lait des plus riches en matière grasse, idéal pour la fabrication de la crème et du beurre.